Hola, para la ruta Bobadilla - Algeciras estoy usando la página
http://www.heavens-above.com/countries.asp que te indica las coordenadas y la altitud sobre el nivel del mar de la población que indiques. El problema que le veo es que he comparado los datos de esta página con los de otras y me da distintos valores (por ejemplo pone Ronda a 623 m de altitud cuando realmente está a lago más de 700).
Al ser coordenadas de poblaciones debes tener en cuenta si la vía pasa por la misma población o algo retirada, como pasa en muchas estaciones de la ruta que tengo en proyecto y en ese caso debes hacer aproximaciones con otro tipo de fuente.
Saludos