Hola.
Yo la conclusión que he sacado de todo esto es que un muelle es un almacén ferroviario que se encuentra adyacente a una/s vía/s desde las cuales se pueden cargar y descargar mercancías directamente (además de estar diseñado para ello, de manera que las puertas del edificio coinciden con los vagones), de un modo similar (guardando las distancias, claro) a lo que ocurre en un puerto,en el que también hay muelles donde atracan barcos y desde ó a los cuales se transbordan mercancías.
Por el contrario, en un almacén (ferroviario, pues también los hay) las vías, que pueden estar más ó menos cerca, no guardan relación intrínseca con el edificio. Por poner unos ejemplos que muchos conocemos, el antiguo
almacén de pescado de la estación de Aranda-Chelva:
no guarda relación con la carga-descarga directa a los vagones, por lo tanto es un almacén. En cambio, los
muelles de la misma estación:
están diseñados para transbordar las mercancías a los vagones y sus puertas coinciden aproximadamente con las de los mismos.
Saludos.